医院设有门诊部、住院部、治未病中心、瑶医特色专科。

门诊部专科包括：

设有中医内科、中医外科、中医妇科、中医儿科、中医脑病科、中医肾病科、中医骨伤科、中医针灸推拿科、中医康复科和瑶医特色专科10个临床科室。

医院配置针灸治疗床、推拿治疗床、推拿治疗凳、针灸器具、火罐、TDP神灯、中药雾化吸入设备、刮痧板、电针仪、艾灸仪、智能通络治疗仪、颈腰椎牵引设备、中药熏蒸设备、特色瑶医用具、瑶浴用具、中医康复训练器械和中医功能训练器械等设备。

连南瑶族自治县中医院（瑶医医院）全体医护人员将秉承“医者初心、仁心仁术、济世救人、创新发展”的医院精神，以“崇德精医 承古纳新 ”为院训，以“集中（瑶）医智慧，兼容并蓄；弘扬中（瑶）医药文化，造福人类健康”为医院宗旨，坚持中西医并重，传承发展中医药事业，传承精华，守正创新，扎实完善中医药服务体系，打造独具瑶族特色中医院品牌，更好的造福广大人民群众，服务百姓健康生活！